サーバーにファイアウォール機能を設定する際に許可していない通信は全て遮断したいのですが、ホワイトリストの推奨設定を教えてください。

共通機能GWを利用する場合は、共通機能ゲートウェイ接続用ロジカルネットワークで利用するネットワークへの通信を許可してください。
サービス管理用のネットワークであり、NTPサーバーの利用や、OSライセンスのアクティベーションのため定期的な通信を可能にする必要があります。
なお、モニタリングサービスはサービス管理基盤側から監視しているため設定を考慮する必要はありません。

参考：詳細情報 – 共通機能ゲートウェイ – NAT/NAPT機能