インスタンスが起動した状態でフレーバー変更を実施する場合、インスタンスは再起動されますか?

サーバーインスタンス, 仕様

2018年1月31日 (2021年5月26日:更新)

はい、フレーバー変更の処理の過程でインスタンスの再起動が実行されます。フレーバー変更前に、データ等の保存を実施してください。
参考:
チュートリアル – インスタンスのフレーバー変更 – 手順