Managed Firewallにおいて、フィルタルールはFQDNで指定可能でしょうか？

FQDNで指定できません。

なお、上位メニューであるManaged UTMは、WebFilteringの機能においてURLをワイルドカード/FQDNでblock/exemptを指定可能です。

Global URL Listではワイルドカードは利用できません。詳細はチュートリアルをご確認ください。