Baremetalのキーペアを作成しましたが、Windowsでは設定不要でした。 削除しても良いですか？

Windowsの場合はSSHが利用できないため、キーペアを削除頂いて問題ございません。
SSHが利用できるOSは以下の2つとなっております。
Ubuntu, RHEL
また、キーペア機能をご利用できないOSは以下の2つです。

Windows,ESXi