ファイアウォール（Brocade 5600 vRouter）において、パケットフィルタリングやNATのルール数がスループットに影響を与えるか教えてください。

ルーティング、フィルタリング、NATのルール数に上限は有りませんが。設定数が増えるとパフォーマンスに影響を与えることが確認されております。
当社の性能測定結果を一例としてご参照ください。

■チュートリアル　（参考）ファイアウォールの性能測定結果
https://sdpf.ntt.com/services/docs/brocade-firewall/tutorials/vyatta/performance.html